Added script to add infos to file

scripts/addInfos.py

+#! /usr/bin/python3
+
+import sys
+
+################################################################################
+def printUsageAndExit() :
+  print("USAGE : %s infos.tsv baseFile.tsv keyColumnIndex defaultSymbol"%sys.argv[0], file=sys.stderr)
+  exit(1)
+################################################################################
+
+################################################################################
+def readInfos(filename) :
+  infos = {}
+  usualColNumber = -1
+  for line in open(filename, 'r') :
+    if len(line) == 0 or '\t' not in line or line[0] == '#' :
+      continue
+    splited = line.strip().split('\t')
+    if usualColNumber == -1 :
+      usualColNumber = len(splited)
+    if len(splited) != usualColNumber :
+      print("WARNING : expected %d columns for line '%s'"%(usualColNumber, line.strip()), file=sys.stderr)
+      continue
+    if splited[0] in infos :
+      print("ERROR : redefinition of line '%s'"%line.strip(), file=sys.stderr)
+      exit(1)
+    infos[splited[0]] = splited[1:]
+
+  return infos
+################################################################################
+
+################################################################################
+def pasteInfosToFile(filename, infos, colIndex, defaultSymbol) :
+  nbColsToAdd = 0
+  for key in infos :
+    nbColsToAdd = len(infos[key])
+    break
+
+  for line in open(filename, 'r') :
+    if len(line) == 0 or '\t' not in line or line[0] == '#' :
+      print(line.strip())
+      continue
+    splited = line.strip().split('\t')
+    if colIndex not in range(0,len(splited)) :
+      print("ERROR : column index '%d' not found in line '%s'"%(colIndex, line.strip()), file=sys.stderr)
+      exit(1)
+    if splited[colIndex] in infos :
+      for col in infos[splited[colIndex]] :
+        splited.append(col)
+    else :
+      for i in range(nbColsToAdd) :
+        splited.append(defaultSymbol)
+    print("\t".join(splited))
+################################################################################
+
+################################################################################
+if __name__ == "__main__" :
+  if len(sys.argv) != 5 :
+    printUsageAndExit()
+
+  infoFile = sys.argv[1]
+  baseFile = sys.argv[2]
+  colIndex = int(sys.argv[3])
+  defaultSymbol = sys.argv[4]
+
+  infos = readInfos(infoFile)
+
+  pasteInfosToFile(baseFile, infos, colIndex, defaultSymbol)
+################################################################################
+