From ad0945a4e290d5f60311ee709867d289bbe7e90e Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Franck Dary <franck.dary@lis-lab.fr>
Date: Thu, 23 Apr 2020 16:46:42 +0200
Subject: [PATCH] Added script to add infos to file
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scripts/addInfos.py | 70 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
1 file changed, 70 insertions(+)
create mode 100755 scripts/addInfos.py
diff --git a/scripts/addInfos.py b/scripts/addInfos.py
new file mode 100755
index 0000000..b5a7117
--- /dev/null
+++ b/scripts/addInfos.py
@@ -0,0 +1,70 @@
+#! /usr/bin/python3
+
+import sys
+
+################################################################################
+def printUsageAndExit() :
+ print("USAGE : %s infos.tsv baseFile.tsv keyColumnIndex defaultSymbol"%sys.argv[0], file=sys.stderr)
+ exit(1)
+################################################################################
+
+################################################################################
+def readInfos(filename) :
+ infos = {}
+ usualColNumber = -1
+ for line in open(filename, 'r') :
+ if len(line) == 0 or '\t' not in line or line[0] == '#' :
+ continue
+ splited = line.strip().split('\t')
+ if usualColNumber == -1 :
+ usualColNumber = len(splited)
+ if len(splited) != usualColNumber :
+ print("WARNING : expected %d columns for line '%s'"%(usualColNumber, line.strip()), file=sys.stderr)
+ continue
+ if splited[0] in infos :
+ print("ERROR : redefinition of line '%s'"%line.strip(), file=sys.stderr)
+ exit(1)
+ infos[splited[0]] = splited[1:]
+
+ return infos
+################################################################################
+
+################################################################################
+def pasteInfosToFile(filename, infos, colIndex, defaultSymbol) :
+ nbColsToAdd = 0
+ for key in infos :
+ nbColsToAdd = len(infos[key])
+ break
+
+ for line in open(filename, 'r') :
+ if len(line) == 0 or '\t' not in line or line[0] == '#' :
+ print(line.strip())
+ continue
+ splited = line.strip().split('\t')
+ if colIndex not in range(0,len(splited)) :
+ print("ERROR : column index '%d' not found in line '%s'"%(colIndex, line.strip()), file=sys.stderr)
+ exit(1)
+ if splited[colIndex] in infos :
+ for col in infos[splited[colIndex]] :
+ splited.append(col)
+ else :
+ for i in range(nbColsToAdd) :
+ splited.append(defaultSymbol)
+ print("\t".join(splited))
+################################################################################
+
+################################################################################
+if __name__ == "__main__" :
+ if len(sys.argv) != 5 :
+ printUsageAndExit()
+
+ infoFile = sys.argv[1]
+ baseFile = sys.argv[2]
+ colIndex = int(sys.argv[3])
+ defaultSymbol = sys.argv[4]
+
+ infos = readInfos(infoFile)
+
+ pasteInfosToFile(baseFile, infos, colIndex, defaultSymbol)
+################################################################################
+
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